In "Die Heinzels 2 - Neue Mützen, neue Mission" geht es um die kleinen Heinzels, die nach ihrem Abenteuer in der Menschenwelt zurück in ihre Heimatstadt Köln kehren. Dort stellen sie fest, dass sich einiges verändert hat und die Heinzels nicht mehr gebraucht werden, da die Menschen mittlerweile ohne ihre Hilfe zurechtkommen.
Die Heinzels beschließen jedoch, nicht einfach aufzugeben, sondern eine neue Mission anzunehmen: Sie wollen den ältesten Heinzels helfen, der seit Jahrhunderten im Wald gefangen ist. Gemeinsam mit ihren Freunden machen sie sich auf den Weg, um den alten Heinzels zu befreien und die Bedeutung von Zusammenhalt und Freundschaft zu erkennen.
Der Film thematisiert die Werte von Zusammenhalt, Mut und Freundschaft und zeigt, dass auch die Kleinsten Großes erreichen können, wenn sie zusammenhalten und füreinander da sind. Mit viel Humor und spannenden Abenteuern begleitet der Film die Heinzels auf ihrer neuen Mission und zeigt, dass es nie zu spät ist, etwas Gutes zu tun und Veränderungen anzustoßen.